1947 में भारत की स्वतंत्रता के बाद , औपनिवेशिक युग से क्षेत्रीय प्रशासनिक विभाजन धीरे-धीरे बदले गए और भाषाई सीमाओं का पालन करने वाले राज्यों का निर्माण किया गया। बॉम्बे प्रेसीडेंसी के भीतर , मराठी भाषी लोगों के लिए एक राज्य के निर्माण के लिए एक व्यापक लोकप्रिय संघर्ष शुरू किया गया था। 1960 में, प्रेसीडेंसी को दो भाषाई राज्यों – गुजरात और महाराष्ट्र में विभाजित किया गया था । इसके अलावा, तत्कालीन हैदराबाद राज्य के मराठी भाषी क्षेत्रों को महाराष्ट्र के साथ जोड़ा गया था। बॉम्बे, कई मायनों में भारत की आर्थिक राजधानी, महाराष्ट्र राज्य की राजधानी बन गई। एक ओर, गुजराती समुदाय के लोग शहर के अधिकांश उद्योग और व्यापार उद्यमों के मालिक थे। दूसरी ओर, शहर में दक्षिण भारतीय प्रवासियों का एक स्थिर प्रवाह था जो कई सफेदपोश नौकरियों को लेने आए थे।
1960 में बॉम्बे के एक कार्टूनिस्ट बाल ठाकरे ने व्यंग्यपूर्ण कार्टून साप्ताहिक मार्मिक प्रकाशित करना शुरू किया । इस प्रकाशन के माध्यम से उन्होंने प्रवासी विरोधी भावनाओं का प्रसार करना शुरू कर दिया। 19 जून 1966 को, ठाकरे ने एक राजनीतिक संगठन के रूप में शिवसेना की स्थापना की।
शिवसेना ने कई बेरोजगार मराठी युवाओं को आकर्षित किया, जो ठाकरे के आरोपित प्रवासी विरोधी भाषण से आकर्षित थे। शिवसेना के कार्यकर्ता दक्षिण भारतीय समुदायों के खिलाफ विभिन्न हमलों में शामिल हो गए, दक्षिण भारतीय रेस्तरां में तोड़फोड़ की और नियोक्ताओं पर मराठियों को काम पर रखने के लिए दबाव डाला।
भारतीय जनता पार्टी के साथ गठबंधन 1970 के दशक में सेना ने हिंदुत्व की विचारधारा पर अधिक भार डालना शुरू कर दिया क्योंकि ‘भूमि के पुत्र’ का कारण कमजोर हो रहा था।
पार्टी ने 1989 से लोकसभा और महाराष्ट्र विधानसभा में सीटों के लिए भारतीय जनता पार्टी (भाजपा) के साथ गठबंधन शुरू किया। दोनों ने 1995-1999 के बीच महाराष्ट्र में सरकार बनाई। शिवसेना 1999 से 2014 तक भाजपा के साथ राज्य में विपक्षी दल थी। हालाँकि, 2014के महाराष्ट्र विधानसभा चुनावों में सीट बंटवारे को लेकर भाजपा के साथ 25 साल के गठबंधन को खतरा था और दोनों ने स्वतंत्र रूप से चुनाव लड़ा। 2014 के चुनाव के बाद भाजपा के सबसे बड़ी पार्टी बनने के साथ, शिवसेना ने विपक्ष की घोषणा की। हालांकि, बातचीत के बाद शिवसेना महाराष्ट्र में सरकार में शामिल होने के लिए तैयार हो गई। बृहन्मुंबई नगर निगम में शिवसेना-भाजपा गठबंधन का शासन है । परंपरागत रूप से शिवसेना का मुख्य गढ़ मुंबई और कोंकण तटीय क्षेत्र रहा है। हालांकि, 2004 के लोकसभा चुनाव में परिणाम उलट गया था। मुंबई में नुकसान झेलते हुए शिवसेना ने राज्य के अंदरूनी हिस्सों में पैठ बनाई।
जनवरी 2018 में, भाजपा के साथ लगभग 30 वर्षों के प्रचार के बाद , शिवसेना ने 2019 के भारतीय आम चुनाव से पहले आधिकारिक तौर पर भाजपा और उनके एनडीए गठबंधन से नाता तोड़ लिया । लेकिन फरवरी 2019 में, भाजपा और शिवसेना ने आम चुनावों के साथ-साथ 2019के महाराष्ट्र विधानसभा चुनाव के लिए फिर से गठबंधन की घोषणा की । चुनाव में शिवसेना ने वोट गंवाए और बाद में भाजपा के सत्ता-साझाकरण में शामिल होने से इनकार करने पर सरकार बनाने में भाजपा का समर्थन करने से इनकार कर दिया। शिवसेना राष्ट्रीय जनतांत्रिक गठबंधन से हट गई , अक्टूबर के अंत-नवंबर 2019 की शुरुआत में एक राजनीतिक संकट की वजह से, जिसके कारण अंततः पार्टी नेता उद्धव ठाकरे भारतीय राष्ट्रीय कांग्रेस और राष्ट्रवादी कांग्रेस पार्टी के समर्थन से मुख्यमंत्री बने ।
महाराष्ट्र नवनिर्माण सेना का गठन जुलाई 2005 में, महाराष्ट्र के पूर्व मुख्यमंत्री और शिवसेना नेता नारायण राणे को पार्टी से निष्कासित कर दिया गया, जिससे पार्टी में आंतरिक संघर्ष छिड़ गया। उसी साल दिसंबर में बाल ठाकरे के भतीजे राज ठाकरे ने पार्टी छोड़ दी। राज ठाकरे ने बाद में एक नई पार्टी, महाराष्ट्र नवनिर्माण सेना (मनसे) की स्थापना की । बंटवारे के बाद दोनों सेना के समर्थकों के बीच झड़प हो गई है।
हालांकि मनसे शिवसेना से अलग हुआ समूह है, लेकिन पार्टी अभी भी भूमिपुत्र विचारधारा पर आधारित है। शिवाजी पार्क में एक विधानसभा में पार्टी का अनावरण करते हुए उन्होंने कहा, हर कोई यह देखने के लिए उत्सुक है कि हिंदुत्व का क्या होगा और, “मैं हिंदुत्व, महाराष्ट्र के विकास के लिए इसके एजेंडे और पार्टी के महत्व जैसे मुद्दों पर पार्टी के रुख के बारे में विस्तार से बताऊंगा।
नेतृत्व परिवर्तन बाल ठाकरे के बेटे उद्धव ठाकरे 2004 में पार्टी के नेता बने, हालांकि बाल ठाकरे एक महत्वपूर्ण व्यक्ति बने रहे। 17 नवंबर 2012 को बाल ठाकरे की मृत्यु के बाद, उद्धव पार्टी के नेता बने लेकिन “शिवसेना प्रमुख” (शिवसेना सुप्रीमो) की उपाधि लेने से इनकार कर दिया।
